染色質(zhì)免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation，chip)被用來(lái)研究細胞內DNA與蛋白質(zhì)相互作用，具體來(lái)說(shuō)就是確定特定蛋白(如轉錄因子)是否結合特定基因組區域(如啟動(dòng)子或其它DNA結合位點(diǎn))——可能定義順?lè )唇M。ChIP還被用來(lái)確定基因組上與組蛋白修飾相關(guān)的特定位點(diǎn)(即組蛋白修飾酶類(lèi)的靶標)。一般認為這些DNA順序在活體內與所研究蛋白結合，ChIP是目前唯一研究體內DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。

如上圖所示，細胞裂解液里的蛋白和相關(guān)染色質(zhì)暫時(shí)結合;DNA-蛋白復合物被剪切，與所研究蛋白相關(guān)的DNA片斷被選擇性免疫沉淀;相關(guān)DNA片斷被純化，順序被測定。

ChIP是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)-DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長(cháng)度范圍內的染色質(zhì)小片段，然后通過(guò)免疫學(xué)方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的dna片段，通過(guò)對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。CHIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動(dòng)態(tài)作用，還可以用來(lái)研究組蛋白的各種共價(jià)修飾與基因表達的關(guān)系。而且，CHIP與其他方法的結合，擴大了其應用范圍：CHIP與基因芯片相結合建立的CHIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選;CHIP與體內足跡法相結合，用于尋找反式因子的體內結合位點(diǎn);RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達調控中的作用。由此可見(jiàn)，隨著(zhù)CHIP的進(jìn)一步完善，它必將會(huì )在基因表達調控研究中發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。